Bjørvikaprosjektet er kostnadsberegnet til 3,920 milliarder kroner etter dagens kroneverdi. Kostnadsrammen er på 4,51 milliarder. Differensen er en usikkerhetsavsetning som skyldes at utbyggingen vil gå over lang tid, og at det kan dukke opp uforutsette ting under Bjørvika. Hvis kostnadene ikke overskrider 4,51 milliarder, slipper byggherren å be stat og kommune om mer penger.
Utgiftene skal dekkes ved et spleiselag. 1 860 millioner skal tas inn på bomringen, 1 440 mill. bevilges over statbudsjettet, Oslo kommune bidrar med 320 millioner kroner, mens salg av vegarealer som blir frigjort, skal bringe inn 300 millioner.
ROM Eiendom og HAV Eiendom som forvalter eiendommene til henholdsvis NSB og Havnevesenet, bidrar også betydelig. Disse har avstått arealer gratis. Generøsiteten er ikke uten baktanke: Verdien av de øvrige arealene de forvalter vil øke drastisk når trafikken på E 18 forsvinner under Bjørvika.