Fire entreprenører meldte sin interesse for oppdraget. Mesta ga det laveste anbudet og fikk kontrakten som er er på 11,192 millioner kroner.
Årsaken til den lave prisen er at fergeleiet skal etableres på et havneområde hvor forholdene ligger godt til rette på forhånd.
Høsten 2006 fikk Veidekke kontrakten på rehabiliteringen av de to tunnelene. Arbeidet ble stanset etter kort tid, og for et år siden bestemte Vegvesenet at kontrakten til 180 millioner kroner skulle avvikles. Beslutningen ble tatt på bakgrunn av nye krav fra Arbeidstilsynet. Ny tolkning av regelverket førte til at arbeidet ble annerledes og kostnadene vesentlig høyere enn opprinnelig avtalt.
Nå blir rehabiliteringen lyst ut på nytt. Når arbeidet gjenopptas, vil Ellingsøytunnelen bli stengt for allmen ferdsel mellom kl. 18 og kl. 06.30. Valderøytunnelen stenges først kl. 22.30. Forskjellen i stengetid skyldes at det bare blir fergeforbindelse mellom Flatholmen og Valderøy. Samferdselsdepartementet har bestemt at det ikke skal være forbindelse mellom Flatholmen og Ellingsøy. Beboerne på Ellingsøy kan bruke Valderøytunnelen fram til denne stenger. Øya har fastlandsforbindelse, så folk kan kjøre hvor de vil hele døgnet, men de som skal til Ålesund må belage seg på en stor omveg natterstid.
Rehabiliteringen av de to tunnelene blir omfattende. Vann- og frostsikring og vifter skal skiftes ut, og alt elektrisk utstyr skal oppgraderes. Dessuten skal det sprenges havarinisjer. Jobben skal være unnagjort sent på høsten neste år.
