(RNA er en "arbeidstegning" av den DNA-biten som koder for et gen.) Det samme gjøres med RNA fra et referansemateriale, som merkes med annen flourescensfarge. De to blandes og tilsettes en mikromatrise med små genbiter som er plassert tett i tett i et kjent rutemønster. RNA fra svulsten og prøven vil konkurrere om å binde seg til sine respektive genbiter på mikromatrisen, og de vil bare binde seg til de genbitene som svarer til gener som er aktive i prøven.
Slike matriser (arrays) kan inneholde mellom 5000 og 50.000 genbiter. Matriser som inneholder alle menneskets gener på én gang er under utvikling.
Ved hjelp av laserinstrumenter og bildebehandlingsprogrammer måles intensiteten av de to flourescensfargene for hvert gen. Resultatet viser genets aktivitetsnivå i prøven i forhold til aktivitetsnivået i referansen. Når tusenvis av genbiter måles samtidig på denne måten, får forskerne svulstens "RNA-fingeravtrykk". Tilsvarende kan svulstens DNA-fingeravtrykk angi svulstens kopitall. I dette tilfellet var prøvematerialet på forhånd gjennomanalysert på DNA-siden, ved hjelp av teknologi utviklet ved Radiumhospitalet.
Stanford-forskerne har utviklet et verktøy som analyserer alle dataene og gjør det lettere å se etter mønstre og systematiske endringer i prøvene. En slik klyngeanalyse organiserer prøver og gener basert på likheter i genuttrykk ved hjelp av fargekodene. I dette tilfellet angir rød farge at genet er mest uttrykt i pasienten. Grønt betyr størst aktivitet i referansen, mens gult angir at genet er like aktivt i pasientprøven som i referansen. Ved å gjennomføre analysen på flere prøver, kan en sammenligne genprofilene til mange svulster - samt for samme svulst før og etter behandling.
Mikromatriseteknologien slik den fremstår i dag er svært kostbar, og først og fremst et forskningsredskap. Flere bioteknologiselskaper jobber med å fremstille matriser som er skreddersydd for rutineundersøkelser, og forskerne levner ingen tvil om at de såkalte biobrikkene vil være vanlig i fremtidens diagnostikk.
Kreftforskerne ved Radiumhospitalet tar nå ett steg videre. Nylig underskrev Anne-Lise Børresen-Dale en kontrakt med et San Diego-firma for utprøving av en ny mikroelektronikkbasert matriseplattform. - Denne nye teknologien er ekstremt fleksibel. Vi kan i større grad dirigere hybridiseringen. Den kan også brukes til studier på proteinnivå, som er det neste skrittet i den funksjonelle genomforskningen.
