En vesentlig del av arbeidet på Naveg er utført i løpet av de to siste årene. Prisnivået i denne perioden har vært høyt. De årlige bevilgningene har ikke vært tilstrekkelige til å kompensere for kostnadsøkningen. Forandring av planene har også gjort prosjektet dyrere. Marienborgtunnelen blir en god del lengre enn opprinnelig forutsatt.
I følge siste overslag vil Naveg koste 1,6 milliarder 2008-kroner. Med den bevilgningen som er foreslått på neste års budsjett, er det ikke penger nok til å bli ferdig om et års tid.
Da det ble bestemt av Marienborgtunnelen skulle forlenges, var det klart at man ikke kunne rekke å åpne den samtidig med resten av prosjektet. Nå kommer det til å skje likevel. Vegvesenet tar sikte på at alt som ikke er tatt i bruk nå, skal åpnes samtidig sommeren 2010. Pirbrua over Nidelva blir riktignok ferdig allerede i juli neste år, men den er nå tatt ut av Naveg og overført til Prosjektet E 6 Trondheim-Stjørdal.
Utsettelsen av åpningen av Naveg betyr at det ikke haster med å utlyse de siste oppdragene. Mellom Pirbrua og Skansenløpet tunnel skal det etableres en veg over Brattøra som delvis vil gå i traséen til nedlagte jernbanespor. Jobben blir delt i fire entrepriser. En av dem vil bli utlyst om ikke lenge. Den gjelder anlegg av en rundkjøring like ved Pirbrua som er nødvendig for å lede trafikken inn på brua når den åpnes neste år. De tre andre entreprisene blir ikke utlyst før til våren eller sommeren.
