Ulykken skjedde i en havn på øya San Cristóbal da en kran med en stor konteiner veltet over båten. Konteineren inneholdt en generator, skriver Reuters.
En person ble skadd, og båten sank sammen med kranen og konteineren.
Miljøvernminister Raul Ledesma Huerta tvitrer at myndighetene gjør umiddelbare tiltak for å redusere oljesølet og begrense ødeleggelsene.
Nasjonalparken i Galápagos opplyser at det er lagt ut oljelenser rundt havaristen og at det brukes oljeabsorberende kluter for å hente opp oljen fra sjøen.
Marinen i Ecuador og havnemyndighetene har startet etterforskning for å finne årsaken til ulykken.
Galápagosøyene ligger vest for Ecuador og har siden 1978 vært på UNESCOs liste over verdensarvsteder på grunn av det unike plante- og dyrelivet på øygruppen.
Ber helikopterprodusenten ta grep etter dødsulykke