I en kunngjøring på statlig TV hevder også kuppmakerne at presidenten og hans familie er satt i husarrest.
– De er arrestert for forræderi. President Ali Bongo er i husarrest, omgitt av sin familie og leger, het det i kunngjøringen.
Militære offiserer sa onsdag morgen at de har tatt makten i landet, og at resultatene av helgens valg er annullert.
Det påståtte kuppet har allerede møtt fordømmelse av blant andre Kina, landets tidligere kolonimakt Frankrike og Russland.
Bongos parti har styrt landet siden det ble selvstendig i 1960. Faren Omar Bongo var president i nesten 42 år fram til sin død i 2009, da sønnen tok over.