Opplysningen kom i en kunngjøring på statlig TV onsdag formiddag. Også en av Bongos tre sønner er tatt i arrest, ifølge kuppmakerne.
– De er arrestert for forræderi. President Ali Bongo er i husarrest, omgitt av sin familie og leger, het det i kunngjøringen.
Ifølge nyhetsbyråene AFP og Reuters kunne det i morgentimene onsdag høres lyden av skyting i hovedstaden Libreville.
Militære offiserer sa onsdag morgen at de har tatt makten i landet, og at resultatene av helgens valg er annullert. Landets valgsenter CGE opplyste tidligere på dagen at Bongo hadde blitt gjenvalgt til en tredje periode med 64 prosent av stemmene.
Støttespillere av Bongos fremste rival Albert Ondo Ossa hevdet mandag at de hadde vunnet valget og ba presidenten om å erkjenne nederlag. Deler av opposisjonen hadde slått seg sammen med håp om å slå Bongo.
Det forrige valget i 2016 utløste dødelige opptøyer og anklager om fusk fra opposisjonen.
Bongos parti har styrt landet siden det ble selvstendig i 1960. Faren Omar Bongo var president i nesten 42 år fram til sin død i 2009, da sønnen tok over.